Do thời gian và chiến tranh tàn phá, ngôi mộ Phan Ngọc Tòng đã bị hư hại nặng. Trước tình trạng ấy, ngày 12 tháng 4 năm 2007, chính quyền cùng người dân địa phương đã tổ chức cải táng hài cốt ông về nằm sau đình làng An Bình Đông (ngôi miếu cũ, nơi chiến trường xưa) ở Gò Trụi, ấp Giồng Gạch, xã An Hiệp, huyện Ba Tri, tức ngay nơi ông mất. Năm 1999, chính quyền đã cho xây thêm nhà bia ở nơi ấy để ghi công ông và những nghĩa quân đã hy sinh.

Hàng năm, vào ngày ông chỉ huy cuộc tấn công quân Pháp đã ghi trên, dân làng An Bình Đông đều có tổ chức ngày giỗ hội để tưởng nhớ ông và những cộng sự đã ngã xuống. Và Giồng Gạch, nơi đẫm máu của nhiều chiến sĩ, được người dân lúc bấy giờ gọi bằng cái tên mới là Gò Trụi, với hàm nghĩa "không còn ai (nghĩa quân) sống sót", vẫn còn tồn tại cho đến hôm nay.